La Biblioteca data, com l’Institut, de 1839. En un principi, però, l’espai Biblioteca era inexistent, ja que els llibres es trobaven a les aules del centre, a la sala de professors, al despatx del Director, etc. Cap als anys 80 del segle passat, essent Director en Josep Maria Cuadras i per inciciativa del qui aleshores era sotsdirector del centre, en Joan Ferrerós, es va decidir habilitar un espai que es feia servir bàsicament com a magatzem i l’APA va col·laborar amb la contractació d’un Bibliotecari, en Rafael Pascuet.

Anys més tard, essent dirigit l’institut per en Simó Bosch, es va pensar que a la Biblioteca li calia un nom i va semblar adient posar-li el nom de l’escriptor Josep Pla. Tanmateix, el propietari de l’editorial Destino i editor de les obres d’en Josep Pla, el senyor Josep Vergés, que aleshores residia a l’Alt Empordà, en assabentar-se del nom que se li havia posat a la Biblioteca, va fer donació de les Obres completes d’en Josep Pla a l’Institut. En agraïment, se’l va convidar a la inauguració de la Biblioteca i a fer-hi una intervenció, però ell es va estimar més que la intervenció la fes Maria Àngels Anglada, qui feia poc havia guanyat el premi Josep Pla, amb l’obra Les Closes.

A inicis del segle XXI, les professores Gurutze Irusta i Irene Cordero es fan càrrec de les tasques de mantenir actualitzada la Biblioteca, però la posterior manca d’un bibliotecari, retorna la Biblioteca a les velles funcions de magatzem de llibres. Fins que l’any 2023, essent director del centre Joaquim Bruguera, s’endega una ordenació de l’espai i es dona una empenta a l’actualització del fons juvenil de llibres, sota la coordinació del professor Daniel Genís.

El 2025, després d’una votació entre els membres del Claustre, s’acorda el canvi de nom de la Biblioteca pel de l’escriptor figuerenc i exalumne del centre Vicenç Pagès Jordà, traspassat feia poc.